Думаю основная армия комбайнов (именно инопланетная) занимается завоеванием новых миров, как это было с Землей, иногда отвлекаясь на серьезные восстания, которые могут угрожать их власти. Как раз то они, судя по всему, и должны были прибыть во время событий второго эпизода, потому что земные войска были дезорганизованы из-за потери главного штаба и не справлялись с ситуацией. Но опять же Гордон Фримен нарушил их планы, в ином случае Сопротивление было бы быстро уничтожено, как говорил Илай, "в этот раз нам не продержаться и семи минут".
Сопротивлению бы в самый раз не альянсовские миры штурмовать, а сосредоточиться на восстановлении своего мира. А тут целый букет проблем. Во-первых, земные войска комбайнов наверняка смогли уже восстановить связь между различными гарнизонами и снова будут представлять собой серьезную силу. Может теперь у них уже не будет такого большого преимущества, как раньше, но заставить повстанцев попотеть они еще могут. Во-вторых, как ни крути, а в городах, контролируемых комбайнами, люди все же были под защитой от разных зеновских тварей, за защитными полями. Мы все видели во что превратился в итоге Сити 17. Если из-за падения Цитадели все коммуникации комбайнов вышли из строя (возможно это и не так, нет информации, что случилось в других Сити), то такое может происходить повсеместно, а в других городах люди определенно были не готовы к такому. Тогда Сопротивлению необходимо думать о своей системе защиты от внеземной фауны. В-третьих, даже если Сопротивление одолеет комбайнов на Земле, им будет необходимо создать свое правительство, заместо Бриновского. И вот тут может начаться самое интересное. Все повстанцы были объединены одной идеей - сбросить власть Комбайнов. Но думали ли они о том, что будут делать дальше? Что если среди них разные взгляды на будущее мироустройство? Не приведет ли это к расколу в Сопротивлении? Что если новый правитель окажется таким же кровавым диктатром, как и Брин? Возможно кто-то из верхушки повстанцев сочтет, что тоталитарное управление будет наиболее логичным в условиях постоянной возможности возвращения комбайнов на Землю. Далеко ли до новых потрясений?
Как ни печально, но текущее положение Сопротивления гораздо более уязвимое, чем у комбайнов. О кризисе власти трудно говорить. Опять же слишком мало данных о комбайнах. Какая у них система управления, кто населяет их миры (все киборги, или также, как на Земле есть не ассимилированные слои населения)? Если бы у них был какой-то кризис в других мирах, сомневаюсь, что они могли бы снарядить целую армию на подавление одного восстания. Тут может быть конечно вариант, что у них там действительно приближается крах, и единственный способ его остановить - добыть технологии с Борея, поэтому они и бросают все силы на Землю.