Не легче просто напросто событием onclick посыласть данные в другой скрипт который содержит в себе код обработки и записи файл? Так как ты сделал не мудрено что не работает.
когда работаешь с php ПЕРВОЕ, что надо знать, это то, что это не какой-то там скрипт в веб-странице, это - ПРЕПРОЦЕССОР. он выполняется первым, он генерирует html-код который потом читает браузер.
напиши <?php for ($i = 0; $i < 100; $i++) echo "a"; ?>, выполни и посмотри исходный хтмл-код в браузере - увидишь сто букв "а" и ни слова о скрипте.
поэтому <input type="button" value="click me" onClick="<?php /* этот скрипт будет выполнен при ГЕНЕРАЦИИ Страницы, а здесь останется пустая строчка ?>"> - работать, разумеется, не будет.
Передать переменную/вызвать функцию javascript из пхп проще простого:
<script language="javascript"> var js_var = <?php echo "hello world"; ?>; </script> - после выполнения на место кода встанет строчка "хелло ворлд".
Передать переменную/вызвать функцию php из веб-страницы - задача выполнима, но на порядок сложнее. это можно сделать:
1) отправив GET или POST данные через форму (будет переход на др. страницу)
2) то же, но с использованием фреймов (хочешь жить - забудь об этом способе)
3) использовать технологию AJAX (самое действенное - XML Http Request), подгрузив некий файл извне (но с того же сервера), передав ему необходимые данные теми же методами (GET или POST).
так что чтоб выполнился php - в любом случае надо обратиться к странице.