Вертексную анимацию только современные движки переваривают кое-как, и то предпочитают делать процедурно через шейдеры, даже не импортируя ни откуда.
Если по-старинке сделать из костей несколько "хребтов" вдоль флага и анимировать уже их физикой/ветром, то будет не супер, да.
Но, если очень хочется... и будет только один/два на всю карту, то есть убер метод один=)
Один камрад однажды
написал скрипт для экспорта вертексной анимации в костную. Дорого выходит, каждый вертекс заменяется костью, чем больше их, тем тяжелее анимация в итоге. Но попробуй.
Тут можно посмотреть, как работает.