Выскажу свою точку зрения. Но начнем с фактов.
0. Сразу забудем о судне из беты.
1. Aperture Science (AS) работала над технологиями мгновенного перемещения при помощи порталов и, на момент исчезновения судна, опережала Black Mesa (BM).
2. На момент исчезновения судна были разработаны GLaDOS и портальная пушка. Кроме того, значительные ресурсы AS были направлены на манипуляции с физическими объектами и пространством, об этом говорит не только портальная пушка, но и световые дорожки, гравитационные туннели и поле анти-экспроприации, которое, кстати, присутствует на судне.
3. Исчезновение судна произошло примерно в одно время с запуском GLaDOS, каскадным резонансом и семичасовой войной. Причина исчезновения судна неизвестна.
4. На судне находилась очень важная и мощная технология, «которая должна быть уничтожена, дабы не допустить повторения Черной Месы». Я не говорю про порталы, поскольку это хоть и просится само собой, но реальных оснований доверять этой теории нет.
5. На момент концовки Episode 2-начала Episode 3/HL3 корабль находится во льдах Арктики и до него добрались силы Альянса. Однако далеко не факт, что комбайны добрались до потерянной технологии.
Итак, моя версия.
Изначально, исследовательское судно Borealis находится в доках Aperture Science (см. Portal 2). Так как судно исследовательское, то на нем установлены все технологии компании, включая «портативную» версию GLaDOS. Опять же, судно исследовательское, поэтому вполне возможно оно оборудовано и механизмами, используемыми в тестовых блоках, соответствующей защитой (поля анти-экспроприации, лазеры, турели).
Более того, поскольку исчезновение судна произошло во времена каскадного резонанса и семичасовой войны, в распоряжение AS могли попасть кристаллы или темная энергия. Не забываем, что темная энергия сделала с гравипушкой, а учитывая, что портальная пушка в свою очередь строится вокруг миниатюрной черной дыры, кристалл или темная энергия могли вызвать неконтролируемую реакцию и мгновенное перемещение судна и всего, что его окружает, в радномное (или не совсем) место на Земле.
Тем не менее, само судно сохранилось, а обновленный портал-ган приобрел новые функции (манипуляции со временем, изменение физических свойств поверхностей - прозрачность, хождение через стен, хз что они могут придумать в Valve). Естественно, как только про такую технологию узнают комбайны, они захотят ее получить, а людям разумнее ее уничтожить или хотя бы добраться до нее раньше других.
Borealis, как он показан на арте, покрыт механизмами комбайнов, по видимому они до него добрались ранее Фримена или кого бы то ни было. Тем не менее, не забываем про технологии AS. Вполне возможно, что если на судне есть GLaDOS, оставшийся в живых экипаж перепрограммировал ее для защиты груза. И соответственно в следующей игре, будь то Ep.3 или HL3, нам придется бороться не только с комбайнами, но и с "GLaDOS-Mobile". А с другой стороны, может она будет помогать Фримену, for science естественно