Если Илай настаивал на уничтожении Борея, то этому способствовало сообщение Gman-а, переданное через Аликс. Полагаю, существует угроза второго каскадного резонанса, в котором, вероятно, крайне заинтересован Gman и который все же случится - ведь Даг Ломбарди обещал HL3.
Финальная песня GLaDOS, как было сказано еще композитором, - песня-шутка, так что я бы очень осторожно опирался на ее "факты".
Насчет базы повстанцев на севере - да, возможно такая имеется, иначе некому было бы обнаружить Борей. Альянс также мог быть на севере уже продолжительное время, причем в большем составе, нежели сопротивление - последним приходилось скрываться. Теперь, судя по артам, сопротивление на севере пришло в полный упадок, а комбайны вовсю изучают технологию AS. Кстати, в теме звучали убедительные мысли по поводу той технологии, позволяющей телепортировать в заданную точку все объекты в определенном радиусе. Интересно, как Кляйнер собирался использовать ее против Альянса?